事の発端は一通の内部告発の文書からであった。
告発文書は今春、水産庁長官宛に某組合長は正組合員の少なく組合の解散命令を避けるため、社員を組合員に仕立て上げ県からの解散命令を免れた事や津市にある同組合長の関係者の所有地を県漁連が購入して水産会館の建て替えの動き、平成十六年の海区調整委員の改選で定員九人に対して十人が立候補したことに関して八人が二十万を出し合い百万を立候補を辞退した候補に贈り、残った六十万を調整に当たった同組合長は着服したなどの内容が、綴られた文書で県選出の国会議員や県議も送りつけられた一件で六月の下旬から農林水産省大臣官房協同組合検査部の調査が行われたという。
水協法の第十八条には正組合員の資格は年間九十日～百二十日の操業が義務付けられており、某組合長の所属する組合では、正組合員も少ないく県からの解散命令を阻止したいための策謀を指摘された。今回の農林水産省の立入り調査は異常な出来事で漁協組合員の間で漁連内部に何が起きているのか？の関心を呼んでいる。
通常なら国からの調査は二年から三年に一回の調査なのに三重漁連の場合、昨年の二月にも調査が入り、二年も経たない内に今回の調査で二回目となれば何かが漁連内部に隠されているのではないかの疑問であり疑心を募らせている。
三重県では財政力の強化から、伊勢湾の南部の漁協を合併させ四十二の組合にして順次八つの漁協に合併した後、平成二十年三月末までに伊勢湾、鳥羽志摩、熊野灘漁協の三つに統合したい構想を打ち出している矢先の漁連への農水省の立入り調査である事から合併に大きな影響力を持つ漁連への調査だけに懸念されている。
